Toda a fauna da floresta tropical úmida presente na Amazônia também se encontra na cidade. Nas áreas rurais do município, há inúmeras espécies de plantas e pássaros, inúmeros anfíbios e milhões de insetos.
Os grandes mamíferos da água, como o Peixe-boi e o Boto, são encontrados principalmente em regiões sem muita movimentação do Rio Negro, em lagos encontrados no bairro Tarumã e também em alguns reservatórios da cidade, como o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Algumas árvores de origem amazônica, como a Andiroba e Mafumeira (também conhecida como Sumaúma), são encontradas em parques da cidade como o Parque do Mindu e Parque Estadual Sumaúma. Este último recebe este nome em razão da grande quantidade de árvores mafumeiras que possui e atualmente é um parque estadual. Répteis como tartarugas, caimões e víboras também ali habitam. Há pássaros e peixes de todas as espécies, plumagens e peles. Em algumas regiões ao longo do Rio Amazonas, floresce a planta Vitória-régia, cujas folhas circulares chegam a mais de um metro de diâmetro.
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